魯哀公十七年（公元前478年），哀公為表對(duì)孔子的尊崇之意，將孔子所居之堂，作“壽堂”，“后代因廟藏夫子平生衣冠琴車書于壽堂中”（《史記?孔子世家?索隱》）。《孔氏祖庭廣記》第二卷載：“魯哀公十七年立廟于舊宅，守陵廟百戶”。漢高祖劉邦于公元前195年冬十一月，來闕里孔廟。“以太牢祀孔子”，同時(shí)封孔子九代孫孔騰為“奉祀君”，這是帝王祭祀孔子之始。
從哀公立廟，到漢武帝“罷黜百家，獨(dú)尊儒術(shù)”的三百余年間，是中國(guó)思想發(fā)展史上的一個(gè)特殊時(shí)期，社會(huì)形態(tài)經(jīng)過了從奴隸制向封建制的過渡，與奴隸制相適應(yīng)的思想理論更替為與封建制相適應(yīng)的儒學(xué)思想理論，在這一重大轉(zhuǎn)變的過程中，歷經(jīng)戰(zhàn)國(guó)時(shí)期的諸子百家爭(zhēng)鳴、秦始皇的焚書坑儒、漢初的霸王道雜之等一系列的思想運(yùn)動(dòng)，儒家思想則在孔子基本思想的基礎(chǔ)上經(jīng)過曾子、子思、孟子及漢初儒生的進(jìn)一步改造和發(fā)展，在政治上適應(yīng)了封建大一統(tǒng)社會(huì)的思想需要，特別是董仲舒將儒家思想與神學(xué)的有機(jī)結(jié)合，創(chuàng)立了以儒家思想為基本內(nèi)容的神學(xué)目的論，第一次在理論上論證了封建中央集權(quán)的合理性和必要性，這一思想迎合了漢武帝的統(tǒng)治需要，故而得以被推上了獨(dú)尊的地位，孔子做為儒家思想的奠基人也就理所當(dāng)然地被推上了圣人的地位。隨著孔子的地位升高，祭祀孔子的廟宇也就越來越受到統(tǒng)治者們的重視。據(jù)乾隆版《曲阜縣志》記載，從漢初到清乾隆，孔廟重修擴(kuò)建七十多次。
曲阜孔廟到唐初已經(jīng)頗具規(guī)模，“正廟五間，祀文宣王，南向坐，顏?zhàn)用嫖鳎溟h子以下十哲及曾子，東西列坐，皆為塑像。兩廡二十余間，祀七十二賢，圖繪于壁上。廟后為寢廟，祀亓官夫人。前為廟門三間，甚壯麗”（《闕里志》?孔尚任著）。宋太祖建隆元年（公元960年），“帝謁孔子廟，詔增修祠宇，繪先圣先賢先儒像，釋奠用永安之樂”，“三年（公元962年）詔祭孔子廟，用一品禮，立十六戟于廟門”（乾隆版《曲阜縣志?通編》，下同）。宋太宗太平興國(guó)八年（公元983年）修闕里孔子廟；宋真宗大中祥符元年（公元1008年）“賜孔子廟經(jīng)史，又賜太宗御制御書一百五十卷，藏于廟中書樓。……，二年，春二月，詔立孔子廟學(xué)舍。三月頒孔子廟桓圭一，加冕九旒，服九章，從上公制。夏五月，詔追封孔子弟子，秋七月加左丘明等十九人封爵。……三年（公元1010年）頒釋奠儀注及祭器圖，建廟學(xué)”。宋真宗天禧二年（公元1018年）“命孔道輔修孔子廟”。孔道輔奏言：“祖廟卑陋不稱，請(qǐng)加修崇”。詔轉(zhuǎn)運(yùn)使以官錢葺之。即命道輔監(jiān)工役。道輔請(qǐng)得封禪行殿余材，乃大擴(kuò)圣廟舊制。建廟門三重，次書樓，次唐、宋碑亭各一，次儀門，次御贊殿，次杏壇；壇后正殿，又后為鄆國(guó)夫人殿；殿東廡為泗水侯殿，西廡為沂水侯殿；正殿西廡外為齊國(guó)公殿，其后為魯國(guó)太夫人殿；正殿東廡外曰燕申門，其內(nèi)曰齋廳，廳后曰金絲堂，堂后則家廟，左則神廚；由齋廳而東，南為客館直，北曰襲封視事廳，廳后為恩慶堂，其后北隅曰雙桂堂。凡增廣殿庭廊廡三百六十間。
金代從金熙宗皇統(tǒng)二年（公元1142年）到金章宗明昌六年（公元1195年）的五十余年間，修孔廟八次。元代修孔廟十三次。明代二十三次，其中因明孝宗弘治十二年（公元1499年）六月，孔廟遭受重大火災(zāi)，由于雷擊，火從宣圣家廟東北角上起，“燒毀殿廡各房一百二十三間”，浙江道監(jiān)察御史余廉奏請(qǐng)修孔子廟。次年春二月孔廟興工。歷時(shí)四年功成，改造奎文舊閣七間三檐，再?gòu)R傍原有毓粹、觀德二門，以通出入，因逼進(jìn)廟臺(tái)，街短促，不稱趨謁，今于前門少北各建東西門一座三間，匾曰快覩、仰高。又前門并二門原址三間，今改建大門、大中門各五間，與廟前宇后掩映相稱。橋梁階級(jí)，煥然鼎新，杏壇碑額，亦皆彩繪俱完，其大成殿九間、寢殿七間，俱兩檐。大成門、家廟、崇圣廟、啟圣殿、金絲、詩(shī)禮堂各五間。兩廡連廊共一百間，啟圣寢殿三間，神廚二十四間，庫(kù)房九間，碑亭二座。衍圣公齋宿房十二間，奎文閣大門、中門左右門下至街道坊牌，無不完整。規(guī)模壯麗，工藝精致，足稱瞻仰。此次重修，皇帝發(fā)帑銀152699余兩。“木則市之楚蜀諸境，石則取之鄒泗諸山，瓴甓鉛鐵則官為之陶冶，丹堊髹彩則集之于商賈，斫削摶埴雕琢繪飾之工則征之京畿及藩府之良者”（明?李東陽《重修闕里廟圖序》）。基本上形成了孔廟現(xiàn)在的規(guī)模。
明武宗正德六年（公元1511年），孔廟為劉六劉七領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)民軍所壞，有司出罰鍰并募輸助得銀三萬五千八百余兩，以七年七月興工修闕里孔子廟，并“移城衛(wèi)廟”，開始建設(shè)曲阜明代磚城。至嘉靖元年（公元1522年）竣工，歷時(shí)十年，完成了以孔廟為中心的政治、經(jīng)濟(jì)、文化、軍事功能齊全的曲阜縣治所的建設(shè)。使曲阜廟城功能發(fā)生了具有歷史意義的社會(huì)變遷。嘉靖二十三年（公元1544年），巡撫曾銑建太和元?dú)夥唬f歷二十年（公元1592年）巡按御史何出光創(chuàng)建圣跡殿，立石刻圣跡圖百有二十。
清代一次最大規(guī)模的修建是在清世宗雍正年間。雍正二年（公元1724年）六月初九，大成殿因雷電起火，沿?zé)龑嫷睢⒋蟪砷T、御碑亭東西二亭、啟圣王殿、金絲堂等處。衍圣公孔傳鐸奏請(qǐng)朝庭，于雍正三年八月興工。四年，命巡撫塞楞額督廟工，頒御書“生民未有”額于大成殿。六年，命巡撫岳浚督廟工。七年（公元1729年）正月，遣通政使留保督廟工。上諭文廟工程務(wù)期巍煥崇閎，堅(jiān)致壯麗，纖悉完備，燦然一新。又諭闕里文廟正殿正門用黃琉璃瓦，兩廡用綠琉璃瓦，以黃瓦鑲砌屋脊，供奉圣像。選內(nèi)務(wù)府匠人用脫胎之法，敬謹(jǐn)裝塑。重建圣祖仁皇帝御書碑亭，增建樂器庫(kù)，頒御書“大成殿”匾額，御書、御制對(duì)聯(lián)懸之廟堂，改欞星門石坊宣圣廟為至圣廟，奎文閣前之參同門曰同文，詩(shī)禮堂前之燕申門曰承圣門，頒內(nèi)府新制大成殿祭器一分，頒鎮(zhèn)圭及新曲柄寶蓋各一，戟二十有四。冬十一月大成殿上梁。八年，欽定孔子廟大門曰圣時(shí)，二門曰弘道。秋八月圣象成。共用帑金十五萬七千六百萬兩有奇。十月遣皇五子詣曲阜祭告孔子，又遣多羅淳郡王弘暻祭告崇圣祠五王（參見《孔府檔案》）。
清乾隆三年（公元1738年）頒御書“與天地參”額，其后又頒“時(shí)中立極”、“化成悠久”二額。十九年（公元1754年）七十一代衍圣公孔昭煥重建欞星門，易木為石。二十一年（公元1756年）修唐宋金元綠瓦碑亭四座及清黃瓦碑亭九座，新建齋官屏門一座。嘉慶四年（公元1799年）仁宗賜御書“圣集大成”匾額。以后從嘉慶六年到光緒三十四年，又不同規(guī)模的修廟八次之多。民國(guó)期間，修孔廟三次，將寢殿、同文門等易為黃瓦。
?曲阜孔廟大成殿