孔林呈東西長方形，孔子墓居中偏南，其后世子孫則按照古代的喪葬制度，以次安葬在孔子、孔鯉、孔伋三世祖的后面及東西兩側。從總體布局來看，戰國時期的墓葬多分布在孔子墓的周圍；漢代墓葬在孔子墓西北和東北一帶；唐、宋、金時期的墓葬在孔子墓北面和西面；元、明時期的墓葬多分布在林內西部、西北、東部、東北地帶；清之后的墓葬多分布在林內東部、西部和北部；中部空閑地帶也有部分明、清時期的墓葬。它們依次距孔子墓漸遠。從墓葬主人的身份來看，又可分為祖孫三代墓、歷代嫡孫墓、歷代裔孫墓、家族女性墓。
孔林內現有遺存的墓葬十萬多座，以明清之后最多。宋之前的墓葬，因時間久遠、自然侵蝕等原因遺存下來很少，有的即使遺存下來，但很難確定墓主身份。本章我們將結合墓主的經歷，對孔林內現有遺存的一些重點墓葬進行探討。